У роки Великої Вітчизняної війни училище було евакуйовано на Урал у Нижній Тагіл. Там 400 учнів разом з інженерно-педагогічними працівниками в надзвичайно складних кліматичних умовах працювали на головному конвеєрі виготовлення танків для фронту, в навчальних майстернях виготовляли деталі для гвардійських мінометів. Випускники училища мужньо билися на фронтах Великої Вітчизняної війни. Училище пишається радистом морської піхоти Григорієм Ковтуном. Навесні 1944 року гітлерівці вирішили перед відступом зруйнувати місто Миколаїв на півдні України і його порт. Цей підступний план міг би зірвати швидкий наступ радянських військ, але цьому завадило весняне бездоріжжя. Тоді радянське командування висадило в порту невелику групу десантників. Очолював її виходець із Харківщини Костянтин Ольшанський. До складу загону сміливців включили й випускника школи ФЗУ Харківського паровозобудівного заводу, а в подальшому працівника цього підприємства, Григорія Ковтуна. Він мав забезпечувати загін радіозв’язком. Десантників було близько сімдесяти. Висадившись у тилу німців на рибальських човнах, вони захопили в порту дві будівлі. Радист повідомив по радіо своїм про те, що десант почав діяти успішно. Невдовзі Григорій, як і майже всі його побратими, загинув смертю героя. За цю операцію Григорій Іванович Ковтун був нагороджений (посмертно) званням Героя Радянського Союзу. Ім’я випускника училища увічнено в назвах кількох населених пунктів. У харківському селищі імені Артема є вулиця Ковтуна. На будівлі заводу імені Малишева, де працював перед відправкою на флот Григорій Іванович, установлено меморіальну дошку, а у музейній кімнаті історії училища є бюст героя. Також високого звання Героя Радянського Союзу удостоєні випускники училища Олександр Григорович Воронько, Микола Федорович Денчик, Іван Павлович Білозеров, Олександр Васильович Щербак, Анатолій Пилипович Коломійцев, Микита Андрійович Гребенюк.
Після визволення Харкова від фашиських загарбників училище з евакуації повернулося в рідне місто. Починати довелося майже все спочатку. У перші післявоєнні роки в училищі навчалося всього 400 учнів. Багато молоді працювало на Харківському заводі тракторного машинобудування імені В.А. Малишева.